Molekularpathologische Diagnostik

Die Molekularpathologie stellt einen wichtigen und zukunftsorientierten Teil der Pathologie dar. Besondere Bedeutung kommt der Molekularpathologie dabei in der Therapie-Prädiktion gezielter Medikamente zu. Diese zielgerichteten Medikamente wirken meist als spezifische Kinase-Inhibitoren gegen onkogen mutierte Formen von Proto-Onkogenen (z.B. EGFR, ALK, ROS1, BRAF) oder als Antikörper, die an bestimmte Wachstumsfaktorrezeptoren (z.B. ERBB2/HER2 oder EGFR) binden und die Aktivierung des entsprechenden Signalwegs verhindern sollen. Die Entscheidung, ob solche Medikamente sinnvoll einsetzbar sind, kann erst nach einer molekularpathologischen Untersuchung auf DNA- oder RNA-Ebene getroffen werden (sogenannte molekulare "companion diagnostics"), da das molekularpathologische Untersuchungsergebnis die Wirksamkeit dieser Medikamente am besten vorhersagen kann.

Neben der Anwendung in der Therapieprädiktion (z.B. beim Lungenkarzinom, kolorektalen Karzinom, Brust-, Ovarial- und Magenkarzinom, Melanom und GIST) sind molekularpathologische Untersuchungen auch wichtige Hilfsmittel in Fragestellungen der Krankheitsdiagnostik und der Prognose, insbesondere im Bereich der Lymphom-Diagnostik, der Diagnostik des kolorektalen Karzinoms, der Sarkom-Diagnostik und der Diagnostik neurologischer Tumorerkrankungen.

Unser molekularpathologisches Labor ist für diese Zwecke mit modernen, leistungsfähigen Geräten ausgestattet und verfügt über ein breites methodisch-technisches Feld.

Das Methodenspektrum umfasst insbesondere qualitative und quantitative PCR-Techniken, automatische Fragmentlängenanalysen, verschiedene Sequenzierungstechniken (Sanger-, Pyro- und Next-Generation-Sequencing (NGS)) sowie Fluoreszenz-in situ-Hybridisierung.

Zum Einsatz kommen diese Techniken bei Klonalitäts-, Mikrosatelliten-, Methylierungs-, Expressions- und verschiedensten Mutationsanalysen.

In der Krankenversorgung werden aktuell folgende Untersuchungen routinemäßig angeboten:

Lymphomdiagnostik:

• B-Zell-Klonalitätsanalyse (IGH)  (PCR)
• T-Zell-Klonalitätsanalyse (TRG/TRB) (PCR)
• IGH/BCL2 t(14;18) Fusionsnachweis, z.B. Follikuläres-Lymphom, Großzell. Lymphom (FISH)
• IGH/BCL6 3q27 (Break Apart-) Translokationsnachweis, z.B. Follikuläres-Lymphom (FISH)
• MALT1 18q21 (Break Apart-) Translokationsnachweis, z.B. Marginalzonen-Lymphom (FISH)
• MYC 8q24 (Break Apart-) Translokationsnachweis, z.B. Burkitt-L. o. diff. großzell. Lymphom (FISH)
• IGH/CCND1 t(11;14) IGH/CyclinD1-Gen Fusionsnachweis, z.B. Mantelzell-Lymphom (FISH)

Kolonkarzinom-Diagnostik:

• HNPCC Screening, komplett: Mikrosatelliteninstabilität (MSI) (PCR/Fragmentlängenanalyse) und MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 MMR-Protein-Expression (IHC), ggf. BRAF Codon600 Mutations- und MLH1-Methylierungsanalyse (PCR/Sequenzierung und qPCR)
• Mikrosatelliteninstabilität (MSI) (PCR/Fragmentlängenanalyse ohne IHC)
• MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 MMR-Protein-Expression (IHC, ohne MSI-PCR)
• MLH1-Methylierung, quantitativ (qPCR)
• BRAF: Codon600 Mutations-Analyse (PCR/Sequenzierung)

Mutationsanalysen / Therapieprädiktion:

• NGS-(Next-Generation-Sequencing) Multigenpanel-Sequenzierung (Relevante Genbereiche von AKT1, BRAF, EGFR, ERBB2/HER2, GNA11, GNAQ, KIT, KRAS, MET, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, RET, TP53)
  
  
• ALK 2q23 (Break Apart-) Translokationsnachweis, ALK-Inhibitor-Therapie (z.B. Crizotinib) (FISH)
• BRAF: Codon600, BRAF-Inhibitor-Therapie (z.B. Verumafenib) (PCR/Sequenzierung)
• BRCA1/2: PARP-Inhibitor-Therapie, z.B. Olaparib (Next Generation Sequencing, NGS)
• EGFR: Exon 18, 19 und 21 (Exon 20 bei Therapieresistenz), TKI-Therapie (z.B. Gefitinib) (PCR/Sequenzierung)
• EGFR-Genamplifikation 7p12 (FISH)
• HER2: Exon 20 (Insertion; PCR/Sequenzierung)
• KIT/PDGFRA bei GIST: Exon 9 und 11 (KIT), Exon 12 (optional) und 18 (PDGFRA), TKI-Therapie (PCR/Sequenzierung)
• KIT beim Malignen Melanom: Exon 11, 13, 17, TKI-Therapie (PCR/Sequenzierung)
• KIT bei Mastozytose: Exon 8, 9, 11, 17, TKI-Therapie (PCR/Sequenzierung)
• Mikrosatelliteninstabilität (MSI) für Chemotherapie-Planung (PCR/Fragmentlängenanalyse)
• PIK3CA: Exon 9 und 20 (PCR/Sequenzierung)
• p53: Exon 4-9 (PCR/Sequenzierung)
• RAS: KRAS & NRAS (jeweils Exon 2, 3, 4; bzw. Codon 12, 13, 59, 61, 117, 146 (PCR/Sequenzierung)
• RET 10q11 (Break Apart-) Translokationsnachweis, TKI-Therapie (FISH)
• ROS1 6q22 (Break Apart-) Translokationsnachweis, TKI-Therapie (FISH)
  
  
• Prosigna (Genexpressionstest bei Mammakarzinomdiagnostik)

Lungenkarzinom-Diagnostik:

• ALK (Break Apart-) Translokationsnachweis, ALK-Inhibitor-Therapie (z.B. Crizotinib) (FISH)
• EGFR: Exon 18, 19 20 und 21 (Exon 20 bei Therapieresistenz), TKI-Therapie (z.B. Gefitinib) (PCR/Sequenzierung)
• FGFR1 Genamplifikation 12q15, Plattenepithelkarzinom (FISH)
• FGFR Genamplifikation 8p11 (FISH)
• HER2: Exon 20 (Insertion; PCR/Sequenzierung)
• HER2/ERBB2-Genamplifikation 17q11 (FISH)
• MET Genamplifikation 7q31 (FISH)
• RET 10q11 (Break Apart-) Translokationsnachweis, TKI-Therapie (FISH)
• ROS1 6q22 (Break Apart-) Translokationsnachweis, TKI-Therapie (FISH)

Liquid Biopsy (zirkulierende Tumor-DNA im Blutplasma)

• z.B. T790M-Mutationsanalyse beim Lungenkarzinom oder ESR1-Testung beim Mammakarzinom;
  bitte gesonderte Hinweise beachten
  
  

Sarkom-Diagnostik:

• DDIT3 (CHOP) 12q13 (Break Apart-) Translokationsnachweis, z.B. Myxoides Liposarkom (FISH)
• EWSR1 22q12 (Break Apart-) Translokationsnachweis, z.B. Ewing-Sarkom (FISH)
• FOXO1 13q14 (Break Apart-) Translokationsnachweis, z.B.  Alveoläres Rhabdomyosarkom (FISH)
• JAZF1 7p15 (Break Apart-) Translokationsnachweis, z.B. Endometriales Stromasarkom (FISH)
• MDM2-Genamplifikation, z.B. hochdifferenziertes Liposarkom / dediff. Liposarkom (FISH)
• SS18 (SYT) 18q11 (Break Apart-) Translokationsnachweis, z.B. Synoviales Sarkom (FISH)
• TFE3 Xp11.23 (Break Apart-) Translokationsnachweis, z.B. Alveoläres Weichteilsarkom, Nierenzellkarzinom (FISH)
• USP6 17p13  (Break Apart-) Translokationsnachweis, z.B. Noduläre Fasziitis, AKZ (FISH)
• YWHAE 17p13 (Break Apart-) Translokationsnachweis, z.B. Endometriales Stromasarkom (FISH)

Neurologische Tumoren:

• 1p und 19q LOH-Analyse, zusätzlich (5ml) EDTA-Blut erforderlich (PCR/Mikrosatelliten-/Fragmentlängenanalyse)
• IDH1 und IDH2-Mutationsanalyse (PCR/Sequenzierung)
• MGMT-Methylierung, quantitativ (qPCR)

Erreger-Diagnostik und sonstige Untersuchungen:

• Gewebe-Identifikation, Mikrosatellitenanalyse (PCR/Fragmentlängenanalyse)
• HPV-Nachweis und Typisierung (PCR)
• Mycobacterium tuberculosis (PCR)
• Tropheryma whippelii (PCR)

Außer diagnostischen Untersuchungen werden in der Molekularpathologie auch Forschungprojekte durchgeführt, die vorwiegend anwendungsorientiert ausgerichtet sind und aktuelle Fragestellungen betreffen. Insbesondere stellen Untersuchungen zum Dickdarm- und Lungenkarzinom Schwerpunkte dar, wobei die Molekularpathologie auch für wissenschaftliche Fragestellungen anderer Tumorentitäten und Kooperationen offen ist.